Historie oboru pravěká a středověká archeologie sahá na Univerzitě Karlově do poloviny předminulého století.
1850 na tehdejší Karlo-Ferdinandově univerzitě byl jmenován mimořádným profesorem pro českou archeologii a dějiny umění Jan Erazim Vocel (1802–1871).
1891 Lubor Niederle (1865–1944)se habilitoval jako docent antropologie a prehistorické archeologie
1898 Lubor Niederle obdržel mimořádnou profesuru
1904 Lubor Niederle obdržel řádnou profesuru
1907 zřízení Archeologického semináře zaměřeného na klasickou archeologii a c. k. Archeologického kabinetu
1911/12 c. k. Archeologickýo kabinet přejmenován na c. k. Archeologický ústav
1909/10 předložení vůbec první rigorózní práce z archeologie v dějinách pražské univerzity (Jan Eisner 1885–1967)
1910/1911 rigorózní práci předložil Emanuel Šimek (1883–1963)
1919 byly tehdejším Ministerstvem školství a národní osvěty schváleny stanovy Československého archeologického semináře
1920 na České univerzitě Karlově zahájil Československý archeologický seminář svou činnost ve v bývalém Kaulichově domě na Karlově náměstí
1926/27 Československý archeologický seminář přesídlil do nové budovy Filozofické fakulty v Břehové ulici č. 5.
1929-1934 seminář vede prof. Albín Stocký (1876–1934)
1934-1940 seminář vede prof. Josef Schránil (1893–1940).
1935/36 zaniká univerzitní Archeologický ústav a na jeho místo nastoupily dva samostatné ústavy – Ústav archeologie klasické a Ústav archeologie prehistorické (jeho ředitelem byl až do roku 1940 prof. J. Schránil)
v roce 1945 se spojil Prehistorický seminář a Ústavu prehistorické archeologie v jeden celek a vznikl Ústav a seminář pro pravěk a ranou dobu dějinnou, jehož ředitelem se stal žák prof. A. Stockého, prof. Jan Filip (1900–1981). Zároveň se v této době zcela nově konstituoval Ústav a seminář pro slovanskou archeologii pod vedením prof. Jana Eisnera (jako samostatný předmět přednášel slovanskou archeologii až do roku 1957, tedy i po zániku Ústavu pro slovanskou archeologii v akademickém roce 1949/50)
1949/50 byly oba ústavy sloučeny v Ústav pro pravěk a slovanskou archeologii (neboli Prehistorický ústav), v jeho čele zůstal prof. Jan Filip.
na počátku padesátých let se v souvislosti s rozsáhlými reformami českého školství administrativně univerzitní archeologie ocitla ve svazku s etnografií v Katedře národopisu a pravěku jako oddělení prehistorie, stále se sídlem v Břehové ulic
od r. 1952 sídlí oddělení prehistorie v Pařížské ulici 27 v budově Právnické fakulty
v polovině padesátých let, a vlastně až do roku 1989, byla pravěká i slovanská archeologie začleněna do Katedry obecných dějin a pravěku (zprvu opět jako Ústav pro pravěk a slovanskou archeologii)
1958 byl ústav „přejmenován“ na oddělení prehistorie opět s podtitulem Prehistorický ústav
1961 byl ústav přestěhován do renovovaných univerzitních budov v Celetné ulici 20
1981-1989 vedl oddělení externě doc. Miroslav Richter (1932-2011)
1990 vznikla opět samostatná Katedra pravěku a rané doby dějinné
1993 byla katedra přeměněna na Ústav pro pravěk a ranou dobu dějinnou, vedoucím katedry a později ředitelem ústavu byl v letech 1990–1998 Filipův žák prof. Miroslav Buchvaldek (1930-2002)
1999- září 2002 působil jako ředitel ústavu Eisnerův žák prof. Jiří Sláma
od října 2002 do září 2016 působil jako ředitel ústavu prof. Jan Klápště
od října 2016 do září 2019 působil jako ředitel ústavu je doc. Miroslav Popelka
v roce 2012 došlo ke změně názvu pracoviště na Ústav pro archeologii
v říjnu 2019 se stal ředitelem ústavu doc. Tomáš Klír
Jako externí přednášející působili na ústavu po roce 1945 někteří přední čeští archeologové:
doc. PhDr. Jaroslav Böhm (1901–1962) Archeologický ústav ČSAV Praha
prof. PhDr. Jiří Neustupný (1905–1981) Národní muzeum Praha
prof. PhDr. Bedřich Svoboda (1910–1975) Archeologický ústav ČSAV Praha
PhDr. Rudolf Turek (1910–1991) Národní muzeum Praha.
