Studijní programy realizované Ústavem pro archeologii se zaměřují na poznání lidské minulosti v celé její sociálně-ekonomické i kulturní diverzitě, od paleolitických období až po počátky moderní epochy, a dále na studium aktivní role materiální kultury ve společenském vývoji. Zájem se soustřeďuje na evropské, především zaalpské území. Teoretickou a metodologickou specifikou programu je důraz na výpověď archeologizované hmotné kultury a povrchových terénních památek, včetně problematiky jejich ochrany a uchování.

Uchazeč o bakalářský i navazující magisterský studijní program má možnost zvolit si jednooborovou (tzv. plnou) nebo dvouoborovou (tzv. sdruženou) formu studia.  Základní penzum praktických dovedností i teoretických znalostí, stejně jako profil a možnost pracovního uplatnění, jsou u obou typů absolventů shodné. Student sdružené formy studia má předepsáno minimální množství PVP, neboť se předpokládá jeho profilace formou druhého oboru. Studijní plány reflektují aktuální a dosud opomíjené oborové trendy, zvláště ty, které lze úspěšně rozvíjet v rámci univerzitního pracoviště.